Une énorme tempète arrive sur Atlantis et les bouclier sont déchargés, ce qui veut dire que la cité n'a aucunes protections. Alors que Shepard, McKay et Weir sont dans la cité et que Ford et Teyla sont sur le continent pour gérer les derniers préparatifs de l'évacuation, un grain de sable se glisse dans les rouage, et tous sont contraints de rester pendant la tempête pour empecher la destruction de la cité.